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Por decisión episcopal, la corporación fue inhabilitada temporalmente desde el año 1997 hasta el 2005, por lo que la procesión se organizó durante este tiempo bajo la tutela de la Agrupación de Hermandades y Cofradías. Para el 2005, ninguno de los jugadores anteriormente nombrados formaban parte de la plantilla blanca. Esto, unido a ciertas diferencias de opinión con la directiva del club madrileño y a que algunos de los mencionados jugadores se encontraban molestos por no jugar en el primer equipo, provocó una escisión que hizo que muchos de ellos se apuntasen a la idea de fundar un nuevo club de fútbol vasco en Madrid. El Stadium del Metropolitano no sólo se utilizaba para el fútbol sino también para atletismo, carreras de galgos, rugby, festivales y concursos debido a sus 110×73 m de extensión total y la pista de 7,5 m de anchura que rodeaba el terreno de juego. Se le hizo un nuevo cuerpo y juego de manos, modificando además su aspecto original retirándole las lágrimas con el fin de adaptarla a la iconografía de Jesús de la Victoria, escenificando el momento en que se muestra gozosa ante el multiutudinario recibimiento al Hijo por parte del pueblo hebreo. Las cejas fueron repintadas y sus rasgos rejuvenecidos con el fin de borrar toda señal de fatiga y aflicción del semblante, mostrando únicamente un rictus ensombrecido que presagia los dolorosos momentos de la Pasión.
Este representa a Jesús desnudo sentado en una roca en actitud implorante al cielo, momentos antes de la Crucifixión. El Cristo es obra de Antonio Dubé de Luque de 2009 y la Virgen es obra del mismo autor de 1997. El primer paso representa a Jesús siendo despojado de sus vestiduras tras llegar al monte Calvario cargando con la Cruz momentos antes de ser clavado en ella. Detrás de esta escena, Simón de Cirene cargando con la cruz y otros dos romanos: el de su derecha indicándole el lugar donde quiere que suelte la cruz, y el de la izquierda llevando el martillo y los clavos. El primer acompañamiento musical del misterio fue llevado a cabo por la Banda de Cornetas y Tambores Santa Cruz de Almería. Señora de la Caridad de Vélez-Málaga en el misterio y por la Banda Musical Los Iris de Instinción en el palio. Al parecer, el deseo de la Hermandad era que Nuestra Señora de la Paz formara parte del misterio y la Virgen de la Salud ocupara el paso de palio, sin embargo, esta llegó a procesionar únicamente la tarde noche de ese año, siendo posteriormente devuelta a su autor. Se trata de una talla anónima de finales del siglo XVIII atribuida a la escuela granadina, la cual inicialmente representaba la advocación de Nuestra Señora de los Dolores, siendo acompañada por un Cristo yacente.
Desde ese mismo año procesiona los Domingos de Ramos con niños de 7 a 14 años la mayoría de los hogares infantiles y de las Escuelas del Ave María. En 1990 se incorpora un paso infantil del Niño de los Remedios, portado por niños. La Hermandad procesionó por primera vez por las calles de su feligresía el Sábado de Pasión de 1999 con la imagen de María Santísima de los Ángeles, siendo autorizado su paso por Carrera Oficial en 2001, haciéndolo por primera vez la tarde del 8 de abril, Domingo de Ramos, día en el cual continua procesionando en la actualidad. En la siguiente ronda, el 16 de abril, marcó uno de los goles en el triunfo por 1 a 2 ante la Juventus de Turín. A partir de esta ronda, todos los emparejamientos se llevaron a cabo por sorteo puro. Durante los años 1984 y 1985 la Virgen de la Paz deja de procesionar para ser sometida a una restauración llevada a cabo por el imaginero granadino Eduardo Espinosa Alfambra. Además destacan en la historia vallecana los jugadores que más años estuvieron bajo disciplina del club, los madrileños Miguel Sánchez y Jesús Diego Cota con un total de diecisiete temporadas cada uno en el primer equipo.